后，转世灵童才能够变成真正意义上的活佛，对于对于活佛的教育，朝廷也要插手，不仅仅要接受宗教教育，还要求到京师来朝见天子，接受教育，大明派驻相应地方的官员也要负责对于活佛的教育，使得他们能够忠君爱国，坐床仪式也要在理藩院和当地最高军政长官的见证之下进行，从而成为真正的活佛。

朱载坖命令理藩院制定相关的条例，同时要确定那些活佛是要有金瓶掣签来决定的，同时在特殊情况下，可以免予通过金瓶掣签来决定，免于掣签一般必须得到地方最高军政长官与地方宗教首领、土司头人的一致同意，上报理藩院，转报皇帝最后决定，是否举行掣签仪式。

同时也要加强对于这些活佛们的管理，根据其影响力大小，分别由朝廷或者韦帝直接赐予国师、禅师等各种享有不同特权的封号，并赐予印信。对于职掌一方政教大权、在政治上有极大影响力的宗教首领，如统领乌斯藏和蒙古各部的四大活佛，则加封国师称号，授予金册金印。而其他的活佛，也要分门别类予以管理，保证宗教秩序和朝廷对于宗教的管理。

对于这些僧人，也要予以安抚，最重要的安抚措施就是赏抚，实行按职定禄的措施，与朝廷官吏领取俸禄一样,活佛职衔越高，俸禄越多,当然这样的话，俸禄大部分都集中在上层喇嘛手里,因为他们既是宗教领袖,又是行政长官,而且是大地主，是朝廷的重点安抚对象。

而敕建寺庙的定额喇嘛的钱粮从内帑中领取,地方寺院中,凡获得朝廷官方认可等级在册的喇嘛,每月可从地方政府领得钱粮,如果遇到讲经,法会等大型宗教活动,朝廷额外赏给银两，作为对于活佛和宗教的支持。