卫所、镇协官军皆受节制，和兵部分掌军令、军政大权。

军机处不仅仅是大明的最高军令机关，也是皇帝的军事顾问机构，和内阁一样是侍从官署，所以军机处的办事地点在宫内，以武英殿作为军机处的办公场所，由于朱载坖现在长居西苑，所以军机处和内阁一样，在西苑设立值房，轮流值守。

军机处下辖机构主要有：五军都督府负责管理卫所官军；

水师总署，负责管理大明水师；

船政总署，负责管理大明造船事务；

粮饷营房总署，负责后勤保障；

督练清军总署，负责核实军籍、训练监察等事务；

参谋军务总署，负责为皇帝提供参谋业务，制定作战计划、方略等，还有官军各部的调度等；

军器装备总署，负责检查军器监所生产的军器质量，制定军器换装、配发规划，向军器监提供反馈，更新军器装备等；

屯政军储总署，负责管理卫所官军的军屯、籽粒和军储事宜，与兵部、司农院共同处理军储问题；

测绘舆图总署，负责舆图、海图等的测绘、更新的事务；

卫尉寺，负责军法审判等职能；

军学总署，负责管理大明的各级军事学校。

这样一来，军机处的职权也就非常之重了，对于大明官军来说，军机处基本上可以说负责所有的军令事务，对于官军的指挥作战和训练监察都是有很大的职权，而和内阁一样，军机处一样实施多人领导，朱载坖下旨，以李成梁、俞咨皋为领班军机大臣，申时行、王锡爵、罗万化 、梁梦龙、徐渭、方逢时、张元功、马栋、谭国佐、李和等为军机大臣，同时从各部院和军中抽调精干官员，充任军机参赞，和内阁一样，军机处有官无吏，所以事务都是有军机大臣和军机参赞办理，防止泄密。