这个制度，将其和大明的土司制度结合起来，在倭奴都统使司下设七个宣慰司，即东海、东山、北陆、山阴、山阳、南海、西海七个宣慰司，虽然宣慰司的宣慰使也是土官，任用倭国的这些地方豪强担任，但是实施流官的管理，有安东都护府具奏朝廷予以任命。

而在各个宣慰司下，就是军民府、土州县等建制了，各个地方的大名，按照其所掌握的领土、人口和对大明的恭顺程度，分别授予土知府、土知州、土知县等官职，予以世袭，而原本倭国的所谓五畿还有原德川、丰臣等反叛大明领主，还有一些战略要地，矿产所在地，如石见银山等，由安东都护府直接领有管理，设立卫所或者是州县等加以控制。

方逢时拟定了详细的方案，上奏朝廷，而在京师，朱载坖也已经收到了倭国的相关奏疏，朱应桢押解着一干钦犯和抄没所得正在回到京师的路上，对于方逢时所采取的果断手段，朱载坖是很认可，虽然有人认为方逢时杀戮过重，但是朱载坖认为只要能够使得倭国大体上平稳，不出现大的叛乱，其他的事情没什么大碍。

除此之外当然就是押解回来的这些钦犯应该怎么处理了，朱载坖召集内阁、礼部和三法司官员商量此事，他们所犯的罪行是很清楚的，谋刺朝廷大臣，这是谋逆无疑了，关键是应该怎么处理他们，刑部尚书蔡国珍和大理院卿孙丕扬认为应当按照大明律族诛之，但是内阁和礼部显然有其他的看法。

申时行就认为，对于这种亡国之君，可以适当宽仁，以彰大明之仁。

隆庆中兴